抗菌药物在治疗感染性疾病中有着举足轻重的地位，但不合理的使用也会给我们带来极大的危害，增加药物不良反应的发生。如氨基糖苷类抗生素（庆大霉素、卡那霉素等）有明显的耳毒性，据统计，在北京、上海、重庆等地的聋哑学校中，70% 的儿童均为氨基糖苷类抗生素致聋；再如氯霉素可以对血液系统造成损害，引发不可逆的再生障碍性贫血；又如我国在 20 世纪 60 年代四环素药物广泛应用，造成儿童牙齿黄染，这是由于药物与钙络合沉积在牙齿和骨骼中，使牙齿黄染并影响骨骼发育，所以现在规定儿童牙发育期（8 岁以下），禁用四环素类药物；还有的抗菌药物在抑杀致病菌的同时，会对在人体寄生的其他微生物起抑制作用，一些对所用药物不敏感的细菌乘机滋长，造成人体菌群失调，严重时就发生二重感染，常见的有林可霉素、克林霉素以及四环素类。常见抗菌药物引起的不良反应还有肝脏损害、肾脏损害、消化道反应、过敏反应等。特别要注意的是，外用抗菌药物如果使用不当也会引发不良反应。